UPJŠ pravidelne sleduje svoju medzinárodnú reputáciu a pozíciu prostredníctvom hodnotenia rankingovými agentúrami, ktoré vypracúvajú rebríčky univerzít. S cieľom získať čo najvernejšie hodnotenie sa UPJŠ venuje analýze pohľadu viacerými agentúrami, keďže každý z rankingov má vlastnú štruktúru kritérií a metodológiu, na základe ktorých hodnotí univerzity. Tieto hodnotenia považujeme za dôležité zdroje informácií o medzinárodnom postavení, kvalite vzdelávania, vedy a transferu technológií a poznatkov univerzity. K najvýznamnejším rankingom, ktoré UPJŠ pravidelne vyhodnocuje, patria Best Global Universities Ranking, QS Rankings, RankPro, U-Multirank, URAP, THE Rankings.
URAP - University Ranking by Academic Performance
| URAP 2017/2018: 1047. miesto vo svete | 2018/2019: 1083. miesto vo svete, 434. mieste v Európe, 2. miesto v SR | 2019/2020: 1232. miesto vo svete, 3. miesto v SR | 2020/2021: 1351. miesto vo svete, 3. miesto v SR |
Hodnotenie univerzít SR v rámci URAP 2020/2021
| Poradie v rámci SR | Univerzita | Svetové poradie | Celkový počet bodov |
| 1. | Univerzita Komenského v Bratislave | 746 | 283,6 |
| 2. | Slovenská technická univerzita | 1245 | 219,72 |
| 3. | Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach | 1351 | 209,87 |
| 4. | Technická univerzita v Košiciach | 1712 | 175,16 |
| 5. | Technická univerzita vo Zvolene | 2236 | 135,08 |
| 6. | Slovenská zdravotnícka univerzita v Bratislave | 2290 | 130,51 |
| 7. | Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre | 2408 | 121,6 |
Hodnotenie univerzít SR v rámci URAP 2019/2020
Poradie v rámci SR | Univerzita | Svetové poradie | Celkový počet bodov |
| 1. | Univerzita Komenského v Bratislave | 720. | 282,22 |
| 2. | Slovenská technická univerzita | 1157. | 219,31 |
| 3. | Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach | 1232. | 212,54 |
| 4. | Technická univerzita v Košiciach | 1689. | 167,41 |
| 5. | Technická univerzita vo Zvolene | 2219. | 125,95 |
| 6. | Slovenská zdravotnícka univerzita v Bratislave | 2318. | 119,64 |
| 7. | Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre | 2420. | 112,47 |
Hodnotenie univerzít SR v rámci URAP 2018/2019
| Poradie v rámci SR | Univerzita | Svetové poradie | Celkový počet bodov |
| 1. | Univerzita Komenského v Bratislave | 609. | 280,97 |
| 2. | Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach | 1083. | 197,39 |
| 3. | Slovenská technická univerzita | 1127. | 192,82 |
| 4. | Technická univerzita v Košiciach | 1654. | 134,54 |
| 5. | Slovenská zdravotnícka univerzita v Bratislave | 2168. | 85,90 |
| 6. | Technická univerzita vo Zvolene | 2217. | 80,96 |
| 7. | Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre | 2335. | 70,51 |
| 8. | Žilinská univerzita v Žiline | 2341. | 70,17 |
Best Global Universities Ranking
| Hodnotenie UPJŠ v 2018 | Hodnotenie UPJŠ v 2019 | Hodnotenie UPJŠ v 2020 |
| 934 . miesto na svete (2. v SR) | 987.miesto na svete, Physics – 487. miesto vo svete, 392. v Európe, (2. v SR) | 1148.miesto na svete, Physics – 546. miesto vo svete, 451. v Európe, (2. v SR) |
Ranking Rank Pro
| RankPro | Poradie v celkovom rankingu vo svete | Skóre | Poradie v rankingu v rámci SR |
| 2017/2018 | 456. | 35,241 | 3. |
| 2018/2019 | 505. | 32,236 | 2. |
| 2019/2020 | 500. | 31,960 | 2. |
| 2020/2021 | 422. | 38,51 | 2. |